《蝙蝠侠 阿克汉姆庇护所》故事叙说蝙蝠侠在与小丑杠上之后，在四月一日时，一间名为阿克罕疗养院的病人疯狂袭击了院方人员，蝙蝠侠必须支身前往这间疗养院救危，却遇上了前所未有的危机。蝙蝠侠在此事件中必须要面对小丑之外，更要面对心中的恐惧，与自身理智的最后底线。

小丑巧妙的运用了心理战术，从内外不断的打击蝙蝠侠，在原著故事设定之中，蝙蝠侠曾在此事件甚至崩溃、发狂，而小丑也比之前更为疯狂、黑暗、无情，为得就是要将这世界给搞到失序与恐惧。